iPhoneにはロック画面にパスコードを設定したり、機能制限で一部機能を利用できなくすることはできても、アプリ毎にパスワードを設定してロックをかける機能はありません。これを実現するのがLockdown ProやApplockerです。アプリだけでなくフォルダにもパスワードを設定したり、画面レイアウト、カメラロールへのアクセス制限など可能になります。
JailBreakはキャリアやメーカーの保証対象外となりますのでご注意ください。またメーカーが施したセキュアな環境を無効化する行為であることを認識しましょう。
Lockdown Pro 2.4.4は、随分と以前にレビュー記事を書きましたが、内容はほとんど変わっていません。執筆時点ではiOS6にも対応しています。
いまではこちらの方がメジャーなのでしょうか？Applocker 2.1.4-1はCydia FeaturedのSecurity and Privacy Tools部門で紹介されています。購入（US$0.99）してみましたがLockdown Proよりも制限できる機能が多いようです。
ただし「パスワードロックして安心」というわけではないようです。Lockdown ProもApplockerも利用時にパスワードを設定しますが、どちらもそのパスワードがテキストで保存されていました。ファイル名や格納場所は伏せますがユーザー領域にありますので簡単に閲覧できる状態です。「頭隠して尻隠さず」とはまさにこのこと。
いずれかを利用されている場合は、iFileやTerminalのようにファイルを閲覧できるアプリにはLocking Application（ロック対象アプリ）にしておくことをお勧めします。母艦PCに接続されれば意味はありませんが、少なくともiPhone単体ではパスワードを確認できないようにはできます。
[2014年1月3日追記]Lockdown Proの最新版のパスワード管理
Lockdown Proの最新バージョンでは設定ファイルが暗号化されていますので、最新版の追加機能とともに別エントリにまとめました。
